X -Men yıllar sonra yeniden aramızda. Profesör X ve Jean Grey’in, Magneto ile mücadeleleri sırasında öldüğünü zannettikleri Cyclops, Colossus, Storm, Wolverine, Nightcrawler ve Banshee Japonya’dan New York’a dönmek için yola çıkarlar. Fakat bu yolculuk kolay olmayacaktır. Moir adası’ndaki Jean Grey, diğer adıyla Phoenix ise daha önce karşılaşmadığı kadar büyük bir tehlikeyle karşı karşıyadır.