Anadolu’nun Türkçe konuşan Ortodoks Hıristiyan ahalisi, 19. yüzyılın sonundan itibaren Yunan ile Türk milliyetçilikleri arasında, bunların dilce Türkleşmiş Yunanlar mı, yoksa Hıristiyan Türkler mi oldukları hakkında bir tartışma doğurur. “Karamanlı” diye anılan bu toplulukların hangi “hayali cemaatin” parçası kılınacağına dair bu ihtilaf, Milli Mücadele esnasında Patrikhane’den bağımsız bir Türk Kilisesi’nin kurulması dolayısıyla bir “kilise ihtilafı” olarak somutluk kazanır.