Siyah Sancak, yeryüzünde yaşayan Müslümanların maruz kaldıkları zulümlerden yola çıkılarak oluşturulan, sözde İslam ülkelerinde yaşayan kafirlerin bu ülkelerde başlattıkları isyan girişimlerini bastıran, onları ve kurmuş oldukları örgütleri deşifre eden birkaç Müslümanın mücadelesini, bu örgütlerin de Müslümanlarla imtihanını anlatmaktadır.