9 Aralık 1842 'da Moskova'da doğdu. Babası Prens Aleksei Kropotkin; annesi ise Yekaterina Nikolaevna'dır. 1846'da anneleri veremden ölünce, Peter ve kardeşleri daha katı olan babaları tarafından büyütülür. Kropotkin Ağustos 1857'de onbeş yaşındayken St. Petersburg'daki Pages Taburuna katılır. Taburdan ayrıldığı 1862'ye kadar zamanının büyük bir bölümünü kitap okumaya, mektup yazmaya ve dergi çıkarmaya ayırır.