Görevi Desmond Miles’dan devralan Jonathan Hawk, suikastçıların içine sızmış olan casusun kimliğini açığa çıkarınca, Hawk’ın geçmiş kişiliği El Cakr da İsis’in Asası’nı ele geçirmek için Tapınakçılarla amansız bir mücadeleye girişiyor. Kendisine sahip olana inanılmaz güçler bahşeden bu kutsal asa, Sultan An Nasır Muhammed’in öldürülmesiyle karmaşaya sürüklenen Mısır’da düzen ve barışın tekrar hüküm sürmesini sağlayabilecek yegane şey…